PandaAIDD/dsh-molecule-viewer ↗★ 0
@dsh-plugins/dsh-molecule-viewer
Interactive 3D molecule viewer for DeepSeek Harness: view PDB/SDF/MOL2/MOL structures with 3Dmol.js
安装
$
npx -p @deepseek-ai/dsh dsh plugin --profile web add github:PandaAIDD/dsh-molecule-viewer说明文档
阅读完整 README ↗使用
对话中直接描述需求即可,模型会自动调用工具:
"帮我可视化这个分子:D:\project\Dock\data\3IPQ.pdb"
或明确要求:
"用 view_molecule 工具查看这段 SDF 数据:..."
支持的格式
| 格式 | 扩展名 | 说明 |
|---|---|---|
| PDB | .pdb .ent | 蛋白质/大分子(ATOM/HETATM 记录) |
| SDF | .sdf .sd | 多分子结构(V2000/V3000) |
| MOL2 | .mol2 | TRIPOS 格式 |
| MOL | .mol | MDL MOL(V2000/V3000) |
SMILES 暂不支持——需要含 3D 坐标的格式。
工具参数
| 参数 | 类型 | 必填 | 说明 |
|---|---|---|---|
path | string | 与 data 二选一(优先) | 分子文件路径,按用户原始写法传入即可(Windows/WSL 双向兼容,~/ 自动展开);服务端直接读取,速度快 |
data | string | 与 path 二选一 | 分子文件纯文本内容——仅用于磁盘上没有文件的情况(如聊天中粘贴的内容),不要 base64 编码 |
format | pdb | sdf | mol2 | mol | 传 data 时必填 | 输入格式;传 path 时按扩展名自动推断,可省略 |
name | string | 否 | 显示名称(如 "1CRN"),作为查看器标题 |
style | stick | line | sphere | cartoon | 否 | 初始渲染样式(默认 stick;蛋白质建议 cartoon) |