dsh-bioinf-verify

Standalone verification plugin for DeepSeek Harness: registry evidence checks (DOI/PMID/trial/dataset/protein/patent + retraction scan), URL accessibility verification, temperature-0 claim-vs-source semantic consistency, and a whole-report verification workflow that decomposes a report into categorized evidence points, checks each from multiple aspects over a durable auditable ledger, and produces the original report annotated with inline failure markers plus a full appended verification report

包名

dsh-bioinf-verify

版本

0.1.0

许可证

MIT

配置（profile patch 示例）

- insert:
    - id: bioinf-verify
      name: 'file:///…/dsh-bioinf-verify/lib/index.js'
      config:
        workDir: ''                # 账本/输出根目录；默认 ~/.dsh/science-verification
        contactEmail: ''           # 或环境变量 CONTACT_EMAIL（NCBI/Crossref polite pool）
        pubmedApiKey: ''           # 或环境变量 PUBMED_API_KEY（3→10 rps）
        patentsviewApiKey: ''      # 或环境变量 PATENTSVIEW_API_KEY（免费申请）
        guidance: true             # 注入工作流使用规范到系统提示
        llmRouter:                 # 分解 + 语义蕴含用（温度 0）
          enabled: true
          baseURL: 'http://127.0.0.1:8012/v1'   # OpenAI 兼容端点（本地 vLLM 即可）
          model: 'deepseek-v4-flash'
          apiKey: ''

所有密钥只从 profile 配置或环境变量读取，仓库内不含任何密钥。全部 API 均免费；仅 PatentsView 需要免费申请 key，未配置时相关组件返回申请引导而非报错。

dsh-bioinf-verify

安装

说明文档

配置（profile patch 示例）