dsh-biomemory
生物仿生记忆系统（Biomimetic Memory for DeepSeek Harness）v0.8.2: 冲突裁决闭环（superseded 由死值变为「人工作废」语义，含 UI 作废/恢复出口）+ 按需抽取按钮（预览零 token）+ UI 说真话（模型卡三态/审计注脚）+ 归档出口； 自动代谢修复（间隔判据改 meta 时间戳 lastDreamAt/lastReflectAt，衰减改为「距上次代谢的增量时间」幂等计算——修复重复 dream 造成的复合衰减与 19 条行为记忆误归档；新增 store.unarchiveEntry 取消归档）+ 钉住不再清零权重 + 删条目不抹审计 + 状态页代谢计数不再被 limit=50 截断 + 语义命中不再被误计 hits + 嵌入模型真懒加载（preloadEmbeddings 默认关，含负缓存）+ busy_timeout + 清理 Markdown 时代死代码（并修：巩固只认「最近被真实召回」的条目、restore 保留原 entry_id、Web API 请求体上限 1 MiB、设置页主题监听只挂载一次、设置页测试纳入 npm test）+ 写入去重/自动合并（记忆原子化：近重复合并进已有条目并提权，nearDuplicateAction）/ 沉淀提醒窗口可配（sinkWindowMinutes 默认 5 分钟）+ 设置页补齐新配置项（去重阈值/提醒窗口/合并策略/预加载）/ 快照标注为不可信数据 / 备份-恢复加固（checkpoint 检查 + 备份自检 + 原子替换 + pre-restore 快照）/ 管理面板请求可中止 + 镜像同步挂载（dream/reflect 后自动把 SQLite 导出为人类可读镜像）+ 审计双写修复（记忆写入/编辑/删除/钉选同时落 SQLite 与镜像）+ 备份文件唯一性兜底 + SQLite 数据层（node:sqlite 内置，零外部依赖）+ 本地嵌入模型语义检索（bge-small-zh-v1.5，离线）+ exact/semantic/hybrid 三模式（exact 相关度优先、weight 限幅 +50%）+ RRF 融合（weight 归一到同量级）+ 冻结快照注入（Memory/Retrieved/Applied 三层分离 + 预算硬上限与逐条截断）+ 审批门（默认 fail-closed）+ 记忆代谢（断点续跑）+ 记忆钉（锁定=不遗忘 + relevance admission）+ 记忆类别与来源（memory_class/source_ref，建议≠决定）+ 结构化审计 + 深度反思 + 知识页 + 可编辑条目 + 冲突浮出置顶 + /memory 命令；管理 UI 按记忆功能设计语言（档案+时光流/紫粉品牌色）+ 深色适配（DSH 主题跟随） 适合需要记忆衰减、深度反思、冲突提醒及精细化记忆条目管理的用户。
Install
npx -p @deepseek-ai/dsh dsh plugin --profile web add github:KLRSL/dsh-biomemoryREADME
Read the full README ↗使用指南
memory 工具（action 清单）
| action | 参数 | 说明 |
|---|---|---|
add | text（必填）, track=user|agent, source | 保存记忆；重要条目自动请求审批，审批不可用时按 approvalFallback 降级 |
query | text, mode=hybrid|exact|semantic, topK, minWeight, projectId, fragmentTypes, includeArchived | 查询；命中自动巩固（用进废退） |
update | fp, text | 编辑一条记忆（保留锁定/权重等元数据；文本变了向量置空重算；审计 UPDATE） |
remove | fp | 删除一条（删除前自动备份数据库，可回滚） |
restore | fp | 从最近备份回滚被删除的一条 |
list | topK | 列出全部条目；与偏好冲突的行为记忆置顶并标注 |
pin / unpin | fp | 锁定/解锁。锁定 = 不遗忘（防衰减/归档），不代表每轮必须执行 |
dream | dryRun, resume（默认 true） | 记忆代谢：衰减/巩固/冲突/归档；支持断点续跑 |
reflect | dryRun | 深度反思：主题聚类/趋势统计/冲突提醒/遗忘建议 |
audit | type, sinceDays, aggregate, groupBy（action|day|entry） | 结构化审计查询/聚合统计 |
示例：
memory action=add track=user text="正式名「大肥鱼」，不用旧名" source="用户原话"
memory action=query text="UI 渲染宽度规则" mode=hybrid topK=10 minWeight=0.1 fragmentTypes=decision,preference
memory action=audit type="DECAY" sinceDays=7
memory action=audit aggregate=true groupBy=day
记忆类别（自动推断，写入时记录）：user_decision（用户明确决定）· user_preference（用户偏好）· fact（普通事实）· model_suggestion（模型建议）· model_inference（模型推测）。建议 ≠ 决定，模型建议永不冒充用户拍板。
memory_recall 工具
跨会话召回（「你还记得…吗」场景），与 memory query 同底，语义上专用于回忆：
memory_recall text="去年定下的版本规则"
/memory 命令族
| 命令 | 说明 |
|---|---|
/memory list | 列出全部条目（冲突条目置顶） |
/memory query | 关键词 + 语义检索 |
/memory add | 直接写入（人类发起，免审批） |
/memory edit | 编辑一条 |
/memory remove | 删除一条（可回滚） |
/memory undo | 回滚被删除的一条 |
/memory pin / unpin | 锁定 / 解锁 |
/memory entries [词] | 列出条目（可带过滤词） |
/memory dream [--dry-run] | 记忆代谢 |
/memory reflect [--dry-run] | 深度反思 |
/memory audit [--since 7d] [--type DECAY] | 审计查询 |
冻结快照注入
会话启动时，插件自动把高价值记忆冻结注入 system prompt（注册即冻结，快照标记「会话冻结」）：
- 头部明确三层概念：本快照 = Applied Context（已注入 prompt）；Memory（存储层）与 Retrieved（查询候选）不在此列；检索到 ≠ 已采用。
- 注入顺序：锁定记忆（最高优先级，不参与衰减）→ 用户偏好（最高优先级，写入须尊重）→ 近期知识 → 近期行为。
- 与偏好冲突的行为记忆置顶并标注
[冲突]，由你裁决修改。 - 热区 token 预算
hotTokenLimit（默认 5000），超出时保留偏好与锁定段。
分级审批门
| 记忆类型 | 审批方式 |
|---|---|
用户偏好 / 项目决策 / 踩坑教训（track=user 或命中重要词） | 人工审批（ask） |
| 普通事实 | 自动写入（auto） |
| 审批通道不可用（策略 never / 服务缺失） | 按 approvalFallback：auto = 自动保存并审计降级标记 · deny = 拒绝写入（fail-closed） |
记忆代谢（Dream）
相当于睡眠时大脑做的事——/memory dream 或 memory action=dream：
- 半衰期衰减（默认 7 天）：
w × 0.5^(年龄/半衰期)，下限 1。 - 引用巩固：单条命中引用 ≥
consolidateThreshold（默认 3）次则 +1 权重，上限weightCap（默认 20）。 - 冲突豁免：与偏好冲突的行为记忆不衰减不归档、保持活跃，在列表与快照中置顶浮出，由你人工裁决（编辑改掉冲突内容后恢复正常代谢），记
CONFLICT事件。 - 低权重归档：权重低于
decayThreshold（默认 3）→status=archived，移动不删除。
执行前自动备份数据库（保留最近 7 次，ROLLBACK 事件可溯）；每 100 条写检查点，中断后 resume=true 断点续跑；--dry-run 只预览不落盘。
深度反思（Reflect）
纯本地、无 LLM 的周期总结：主题聚类（TF 向量余弦相似度 ≥ 0.25）· 趋势统计（近 7 天 vs 上一周写入量）· 冲突提醒（行为与偏好潜在冲突清单）· 遗忘建议（低权重候选）。报告写入 longterm/reflections/.md，支持 --dry-run 预览。
知识库（管理 UI）
DSH 设置页「记忆工作台」五个 tab：
| tab | 功能 |
|---|---|
| 概览 | 存储统计（条目/锁定/分层/向量数/审计近 7 天）、模型状态、迁移状态、冲突与低权重速览 |
| 知识库 | 全文/语义搜索（exact/semantic/hybrid）、按分层筛选、权重/引用/时间/锁定状态展示；一键锁定/解锁、就地编辑、安全删除（先备份可回滚）；冲突条目置顶 + 红色徽标 |
| 代谢 | 一键执行 / 预览记忆代谢，展示衰减/巩固/冲突/归档结果 |
| 反思 | 一键执行 / 预览深度反思，报告罗列与冲突就地裁决（编辑或删除） |
| 设置 | 全部配置项可视化编辑（含恢复默认） |
审计
双通道：SQLite audit_log 表（结构化，五元组 t / actor / action / entry_id / detail，主通道）+ audit.log（人类可读一行摘要，向后兼容）。
事件类型：WRITE / DECAY / CONSOLIDATE / CONFLICT / ARCHIVE / RECALL / ROLLBACK / AUTO-DREAM / AUTO-REFLECT（其余辅助事件：PIN / UNPIN / UPDATE / REMOVE / RESTORE / MIGRATE / VECTORIZE / PREVIEW / REFLECT / CONFIG）。
/memory audit # 最近事件
/memory audit --since 7d # 最近 7 天
/memory audit --type DECAY # 只看 DECAY
memory action=audit type="DECAY" sinceDays=7
memory action=audit aggregate=true groupBy=action # 聚合统计
语义检索
先关键词匹配；命中不足时用纯 JS 的 TF-IDF + cosine 补充召回（无原生模块、完全离线）。配置了本地嵌入模型（bge-small-zh-v1.5，512 维，存储于 ~/.dsh/models/）且可用时，自动升级为 hybrid 融合检索（RRF 变体）；模型缺失/加载失败自动降级为关键词检索，记忆功能不受影响。语义命中在输出中标注「语义」。
配置
| key | 默认值 | 说明 |
|---|---|---|
halfLifeDays | 7 | 半衰期（天）：权重每过半衰期衰减一半 |
decayThreshold | 3 | 权重低于此值 → 归档（移动，不删除） |
consolidateThreshold | 3 | 引用 ≥ 此次数 → 巩固（+1 权重） |
weightCap | 20 | 巩固权重上限（防膨胀） |
hotTokenLimit | 5000 | 快照注入热区 token 上限 |
maxQueryResults | 20 | 查询返回上限 |
approvalFallback | auto | 审批不可用时：auto=自动保存并审计降级 / deny=拒绝写入 |
autoDreamDays | 7 | 启动时距上次代谢（meta lastDreamAt）≥ 此天数自动执行（0=关闭） |
autoReflectDays | 3 | 启动时距上次反思（meta lastReflectAt）≥ 此天数自动执行（0=关闭） |
preloadEmbeddings | false | 启动时是否预建向量索引（v0.8.0 起默认不加载嵌入模型，首次语义检索时才加载；置 true 或 DSH_BIOMEMORY_PRELOAD=1 可预热） |
nearDuplicateThreshold | 0.7 | 写入去重（v0.8.0）：与已有同类条目的中文 bigram 相似度（长度相近时取 Jaccard 与包含度的较大者）≥ 此值时按 nearDuplicateAction 处理（0=关闭。实测「换了说法的同一件事」约 0.7~0.8） |
nearDuplicateAction | merge | 命中近重复时：merge=合并进已有条目（追加 ｜ 【补充·日期】… 并提权 +1，借鉴 @zheexinn/dsh-memory 的 merge-on-write）／skip=只提示不写（返回相似条目 fp 供 update） |
sinkWindowMinutes | 5 | 轮次结束后「请沉淀值得长期记住的内容」提醒的有效窗口（分钟，可配）。窗口内注入一次催促；超时丢弃（下一轮重新判断），避免隔很久再发消息时被一条过期的「上一轮请沉淀」打扰 |
conflictOverlap | 3 | 冲突检测：行为与单条偏好的专有双字重叠阈值 |
petEndpoint | null | 可选：本地桌宠通知服务 URL（默认关闭） |
可在设置页「设置」tab 可视化修改，或通过 POST /biomemory/api/config 调整；持久化为 biomemory.config.json（透明可改）。