选择一个 Harness 工作区目录，文库存放在其中的 OKF/ 下。浏览器不直接读目录，由宿主工具读盘；沙箱的 fs / bash 因为共享会话 cwd，看到的是同一份文件。

首次使用可在对话里发送「初始化OKF」，让智能体建好目录结构。

工作区内的默认布局：

路径	用途
`OKF/papers/`、`OKF/topics/`、`OKF/methods/`、`OKF/entities/`、`OKF/datasets/`、`OKF/genes/`、`OKF/pathways/`、`OKF/claims/`、`OKF/notes/`、`OKF/questions/`、`OKF/surveys/`、`OKF/extracts/`	概念 Markdown
`OKF/sources/pdfs/`	原始 PDF（仅本地保存，打包时不含）
`OKF/sources/docs/`	非 PDF 源文件
`OKF/manuscripts/`	`okf_export` / `okf_pack` 的输出（不是概念前缀，打包时不含）
`OKF/.okf/`	可重建的索引与流水线状态（打包时不含）

${cwd} / ${workspace} 指会话工作区，不是启动 dsh 时所在的目录。用 okf_paths 查看解析后的路径快照。

跨工作区迁移文库请用 okf_pack + okf_merge（或 CLI），不要直接复制 sources/pdfs/ 进包。

不要把机器相关的绝对路径写进插件包或共享 profile。

除非文库要放在工作区之外，否则保持以下变量未设置。dsh 依次加载 /.env 和 ~/.dsh/.env；.env 文件中的 ${HOME} 不会被展开：

OKF_DIR=/path/to/your/okf
OKF_PDF_DIR=/path/to/your/pdfs
OKF_EXPORT_DIR=/path/to/your/manuscripts

按 id 定位的 profile patch 会整体替换 config，所以要把仍需要的字段全部重新列出：

- id: okf
  config:
    okfDir: ${cwd}/OKF
    pdfDir: ${okfDir}/sources/pdfs
    exportDir: ${okfDir}/manuscripts

支持的占位符：${cwd}、${workspace}、${home}、${dshHome}、${okfDir}、${pdfDir}、${exportDir}、${env:NAME}。遇到未知 ${var} 会直接报错。

每个目录的解析顺序：非默认 config 值 → 对应的 OKF_* 环境变量 → schema 默认值（${cwd}/OKF、${okfDir}/sources/pdfs、${okfDir}/manuscripts）。

okf_ingest 的相对路径相对 pdfDir 解析；okf_export / okf_pack 的相对路径相对 exportDir 解析；okf_merge 的 from 相对工作区解析。

插件注册了 okf 设置命名空间（installSettingsSection）。启动后 okf_paths 显示解析后的目录；okf_set_paths（以及 Settings → Plugins 卡片）是可选覆盖——后续工具调用无需重启即可生效。

留空（或点 Reset）会清除用户层设置，字段重新继承组合默认值。

配置错误会明确报错，不存在静默降级。

dsh-okf

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