cloudbywu/dshchem--packages-dsh-tool-chem ↗★ 1
@dshchem/dsh-tool-chem
Preset tool rows for the DSH chemist agent: 24 chem_* tools (molecular properties, retrosynthesis, drug-likeness, ADMET, docking, virtual screening) as thin model-facing consumers of the host `chem` service from @dshchem/dsh-chem-core. 适合化学科研Agent，需配合@dshchem/dsh-chem-core服务使用。
インストール
検証済み bundle がないか、互換性チェックに失敗しています。先にリポジトリの説明を読んでください。 README 全文を読む ↗
ドキュメント
README 全文を読む ↗@dshchem/dsh-tool-chem
DSH chemist 化学科研预设的模型工具行包（24 个 chem_* 工具）。每个工具都是宿主 chem 服务（@dshchem/dsh-chem-core 提供）的薄消费者——只拥有 schema、校验与呈现，不拥有计算与网络。
工具清单
| 工具 | 用途 | 关键输出 |
|---|---|---|
chem_validate | SMILES 校验 + canonical 化 | canonical/formula/InChI/InChIKey/heavyAtoms |
chem_props | 分子描述符（RDKit） | MW/exactMw/logP/HBD/HBA/TPSA/旋转键/芳香环/电荷/分子式 |
chem_convert | 结构格式转换 + 2D/3D 结构图 | canonical/inchi/inchikey/mol/sdf/svg/xyz |
chem_pubchem | PubChem 交叉核对 + 名称自动补全 | CID/名称/分子式/MW/SMILES/IUPAC/InChIKey |
chem_calc | 能量计算 | emt / xtb GFN2-xTB 能量与弛豫 |
chem_reaction | 反应分析 | 原子守恒 / SMARTS 模板产物 |
chem_recipe_save / _search / _list | 配方记忆库 | id/title/tags/content（跨会话持久） |
chem_papers | 文献检索 | DOI/标题/期刊/年份/作者/摘要 |
chem_pdf | 本地 PDF 文本提取 | pages/chars/text |
chem_retro_step | 单步逆合成断键 | precursors/atomConserved/saScore |
chem_functional_groups | 官能团识别（24 种） | name/count |
chem_retro_plan | BFS 逆合成路线 | plans（route/terminal/reason） |
chem_reagents | 正向合成条件推荐 | conditions/notes |
chem_aizynth | AiZynthFinder 反应树搜索 | routes（score/reactionTree） |
chem_druglikeness | 类药性 + QED + SA | lipinski/veber/reos/verdict/qed/saScore |
chem_similarity | Tanimoto 相似性排序 | results（target/tanimoto/invalid） |
chem_cluster | Butina 聚类 + Murcko 骨架 | clusters/numSingletons/murckoScaffolds |
chem_mcs | 最大公共子结构 | smarts/numAtoms/numBonds |
chem_enumerate | R-group 组合枚举 | combinations/generated/products |
chem_admet | ADMET 端点预测（104 项） | endpoints/count |
chem_dock | AutoDock Vina 对接 | poses/bestAffinity_kcal_mol/batch |
chem_screen | 一站式虚拟筛选 | hits/failed/reportPath |
设计要点：LLM 只规划与叙事，分子事实一律由工具产出——这是 ChemCrow 范式在 DSH 预设中的落地（防 SMILES/性质幻觉）。
预设行用法
在 agent.cordis.yml 中（本机 ~/.dsh/.agent-presets/chemist/agent.cordis.yml）：
- id: tool-chem
name: 'C:/Users/cloud/Desktop/dshchem/packages/dsh-tool-chem/lib/index.js'
- 开发期：绝对路径行直接指向本仓库入口；包内
import '@deepseek-ai/dsh-tools'依赖工作区 junction 解析（见顶层 README「依赖解析」）。 - 发布期：
npm publish后将行改为name: '@dshchem/dsh-tool-chem'，并把@deepseek-ai/dsh-tools列为常规依赖（自包含解析），或保持绝对路径用于个人部署。
挂载校验
# 通过 dsh-agent-presets 的 standingKeyFor 校验（组合真实挂载，非语法检查）
# 需要 chem 服务已在当前进程提供（重启后由 chem-core bundle 提供）