dsh-science-workbench

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面向 DeepSeek Harness 的可复现科学工作台插件，融合三种范式的长处：

• Jupyter —— 可看、可重跑的 cell 与内联图；
• Claude Science —— agent 作为执行引擎；
• Nextflow / nf-core —— 每个产物都带完整 provenance。

核心承诺：每张图、每个产物都可溯源、可重放。你永远能回答 “它 = 哪段代码 + 哪些输入 + 什么环境 + 什么参数/种子”，并一键重跑。

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✨ 能力

• 代码出图 → 反馈 → 重画 —— agent 跑自包含 cell 出图、图内联显示；你给图挂结构化反馈，bio_rerun_cell 生成派生版本（v1 → v2 → v3）。
• 每项目一个账本 —— 明文 manifest.json 是唯一事实来源：cells、artifacts、provenance 与反馈历史。
• 天生可复现 —— 自包含脚本、每 cell 全新子进程、environment.lock、SHA-256 输入/输出哈希、固定 seed。
• 自动 git 版本化 —— 每个项目创建时 git init，每一步自动本地 commit（不 push）。
• 跨平台 —— Host shell 层 macOS/Linux 用 bash、Windows 用 PowerShell；Python 在 Windows 用 python、POSIX 用 python3。

🛠 工具

8 个 agent 工具 + 一个浏览器工作台：

工具	作用
bio_init_project	建/开项目：code/ data/ figures/ + manifest.json + environment.lock + git init。
bio_run_cell	跑一个自包含 cell，发现图、登记产物哈希、提交。
bio_rerun_cell	用改过的代码重跑 cell，生成派生版本（记录 lineage）。
bio_add_feedback	给产物挂结构化反馈（“重画它”这条备注就这样变成历史）。
bio_get_project