🧬 dsh-bio-genie

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面向 DeepSeek Harness (dsh) 的生物信息学「许愿式分析」插件

dsh bio analysis · dsh biology analysis · deepseek harness bioinformatics · Biopython · sequence analysis · genomics

说人话，出结果。用户用自然语言描述生物学分析需求，dsh 的 agent 自动完成分析。

下载安装即用 —— 无需用户安装 Python 或 Biopython，插件首次运行自动引导完全隔离的 Python 环境。

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✨ 特性

特性	说明
🪄 许愿式分析（Wish Coding）	说人话就能分析："这条序列的 GC 含量和 EcoRI 酶切位点？"
🧩 全功能覆盖	bio_python 执行器可运行任意 Biopython 代码（比对、PDB、Phylo、motif、BLAST…），配合 14 个领域 skill 配方
⚡ 高频语义化工具	11 个固定参数工具（GC 含量、翻译、限制酶、k-mer、文件 IO、Entrez…）——省 token、输出稳定、参数有校验
📦 零安装	自动下载隔离的 Python 环境（uv + venv + Biopython）到 $DSH_HOME/dsh-bio-genie/，不污染系统
🇨🇳 国内网络友好	DSH_BIO_UV_BASE 镜像开关加速 uv 下载（实测 GitHub 直连 12 分钟未完成 → 镜像 1-2 分钟）
🛡️ 环境隔离	Python 子进程以 -I（isolated）模式运行，不受宿主 PYTHONPATH 污染

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📦 安装

# 方式一：本地路径安装（推荐，无需发布 npm）
dsh plugin --profile web add "link:/path/to/dsh-bio-genie"

# 方式二：发布到 npm 后
dsh plugin --profile web add @dsh-bio/dsh-bio-genie

重启 dsh web 服务后生效。首次启动时插件会在后台自动引导 Python 环境 （下载 uv → Python 3.12 → venv → biopython，约 1-2 分钟），之后秒级就绪。

手动挂载（当 profile 已含本地包导致 pnpm 校验失败时）

mkdir -p ~/.dsh/profiles/web/node_modules/@dsh-bio/dsh-bio-genie
cd /path/to/dsh-bio-genie
cp -r src index.js cordis.patch.yml package.json skills prompts python docs \
  README.md README.zh.md LICENSE THIRD_PARTY_NOTICES.md \
  ~/.dsh/profiles/web/node_modules/@dsh-bio/dsh-bio-genie/

然后在 ~/.dsh/profiles/web/package.json 中：

• dependencies 添加："@dsh-bio/dsh-bio-genie": "file:.../dsh-bio-genie"
• dsh.profile.bundles 数组添加："@dsh-bio/dsh-bio-genie"

最后重启 dsh web 服务。